包括自身免疫性因素在内的男性因素或会导致大约50%的不育病例，然而，目前研究人员却并不清楚自身免疫性男性不育症背后的分子机制。
自身免疫调节子（AIRE，autoimmuneregulator）的缺陷或会损伤机体的中枢免疫耐受性，这是因为胸腺中自身抗原表达量的减少所致，而携带AIRE突变的人类或人工移除Aire的小鼠会出现多器官的自身免疫状况和不育症。
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